非货币性出资财产未经评估作价或评估作价存在瑕疵
拟挂牌公司非货币性财产出资应当依法评估作价。实践中存在“未经评估，直接以实物购买价格或股东协商价格确定出资金额”、“虽然经过评估，但所评估的出资财产与公司业务关联性不强或者所评估价值虚高”等问题，这些问题均会引发公司股东出资不实的法律障碍。从已挂牌企业实践经验来看，评估作价瑕疵问题主要出现在实物出资领域，公司一般采用下述方案：
1、复核出资价值公允性 参考：光蒲电子、四维传媒、万泉河、和氏股份、泰信电子
聘请具备资质的评估公司对非货币性出资财产进行评估，评估基准日分为两类：
第一，以实物实际出资日为评估基础日，对该出资实物价值进行评估。如果《评估报告》显示，出资实物的评估值不低于该实物对应的出资额，则基本判断不存在出资不实的情形。第二，以现年度为评估基准对非货币财产价值追溯评估。评估结果如低于原商定出资作价，则差额部分由股东以现金方式投入公司作为补偿。
除采用委托评估公司进行评估的方法外，也有公司根据“相同或类似资产公开的报价单、新购资产购置合同、发票、报关单等文件“确定参考数值来复核出资财产是否公允。如果公司认定的出资额不高于该参考数值，则基本判定公司不存在出资不实的现象。
2、再以现金补充出资 参考：万洲电气、泰信电子、安华智能
从稳健角度及股东出资公平性角度考虑，许多公司除复核原出资资产价值外，还会要求相关股东现金补充出资。
处理方法为：由公司股东会决议，原实物出资股东以等额货币资金出资的方式对该等未经评估的实物出资进行再出资；公司收款后将上述款项计入资本公积，并出具验资符合报告验证确认。前述补充出资方式，不仅客观上起到了使出资方式符合法律规定的目的，而且将原非货币财产保留在公司，不影响公司经营活动的正常开展。
对非货币性财产权属不明
在非货币性财产出资中，无形资产出资容易引起主管机关对该出资财产权属是否明确产生疑问。此时，拟挂牌公司需核实出资财产是否属于出资人职务发明、出资人对于该项技术是否拥有完整的所有权或使用权、所出资财产是否存在潜在法律纠纷等情况。
所出资无形财产可能存在权属不清的嫌疑，拟挂牌公司一般都会对该瑕疵出资进行补正，分为三种模式：
1、对该部分无形资产作减资处理 参考：金日创、恒信启华、联合创业
此种情况下，由有限公司股东会决议减资，减资部分为股东的无形资产出资部分。完成减资程序后，经股东会同意，该股东可以货币出资方式增加公司注册资本。通过“减资--增资”模式调整公司资本总额及资本结构，实现现金置换效果。该模式的优点是减资、增资流程均有法律明确规定，易为工商登记部门接受，并办理变更登记；缺点在于减资过程中需要按照《公司法》的规定发布减资公告并就债权清偿作出安排，公告期满后才能办理变更登记，耗时较长，程序较繁琐。
2、直接变更出资形式 参考：成明节能、奥特美克
由有限公司全体股东同意原出资股东变更出资形式，以等额货币出资置换之前的无形资产出资。公司注册资本保持不变，公司各股东出资额及股权比例均保持不变。在完成置换后，原有的无形资产所有权转归股东所有，需办理无形资产产权移转手续。
该种模式的优点在于能够一次性改变公司资本结构，较为快捷。但在实践中，由于《公司法》并未规定可以追溯性的改变公司出资形式，且该种变更不属于法定的变更登记事由。大部分工商登记部门因为法律上没有相关规定的原因，拒绝公司通过现金置换无形资产出资的方案，从而导致公司无法办理变更登记。为保证公司主营业务的稳定性和竞争力，股东通常需要采用无偿赠与、无偿许可使用等方式保证该无形资产仍由公司使用。
3、认定无形资产属于公司所有，股东补充出资 参考：帝测科技
如股东取得该无形资产的客观条件使得该无形资产足以被认定为职务发明。在该种情况下，可考虑直接将该无形资产认定为职务发明，将其自始归属于公司资产。此时，股东需要以等额的货币资金补充出资。
非货币性出资财产转移手续存在瑕疵
参考：莱力柏、吉事达、万洲电气
1、因未完成出资财产法律转移手续而导致公司出资存在瑕疵。
首先，考虑补充办理资产移交手续，并通过验资程序加以验证。其次，如果该权属的移转必须以登记为准但却无法办理，则需要进一步考虑通过变更出资方式、减资等方式实现现金置换。
2、出资财产虽已经转移但却无验资报告（或验资报告自身存在缺漏）导致出资瑕疵。