顺丰与菜鸟之间的纠葛暂告一段落，但后续影响并未消减。6月5日，商务部电子商务和信息化司向多省市部门发函，要求组织相关机构调查“丰巢事件”给生鲜农产品带来的影响。
根据商务部指示，要求江苏、浙江、山东、广东、广西省商务主管部门，迅速组织相关协会、合作社、生产基地、生产大户等，了解当地时令生鲜农产品，例如樱桃、荔枝、枇杷等，受菜鸟网络与顺丰速运纠纷的影响情况，并从品种、销量、价格、销售额以及农户反映等方面形成分析报告，反馈至电子商务和信息化司。
顺丰与菜鸟之间的“互怼”在短短几日不断升温。6月1日凌晨，菜鸟网络宣布顺丰关闭对菜鸟的数据接入。顺丰则表示菜鸟先动手封杀了顺丰，这是一场“有针对性的封杀行动”，称菜鸟希望顺丰从腾讯云转投阿里云。在6月3日凌晨，国家邮政局出手干预“丰巢事件”，菜鸟与顺丰之间的紧张关系才逐渐缓和。虽然双方在表面上的关系趋于缓和，但数据之争并未结束。
从目前来看，物流在一定程度上影响着产品的质量和价格，顺丰与菜鸟之间的争执对农产品产生了影响。今年5月初，母亲节和“5·20”期间的鲜花价格居高不下，主要受“一带一路”影响，通过快递公司空运的鲜花多数被滞留在机场，因此鲜花价格才会不断上涨且导致鲜花质量严重受损。