从4月初至今，世界集装箱第一大港上海港已经持续拥堵超一个月，且拥堵局面逐渐向周边港口蔓延。上海国际港务（集团）股份有限公司（上港集团， 600018.SH ）人士5月10日对财新记者回应称：此次拥堵主要原因是船东公司航线调整，与上海港本身关系不大。但业内专家则认为，上海港严重超负荷运营以及近期系统调整等因素都是导致此次拥堵的原因。
今年4月10日前后，达飞轮船、川崎汽船、日本邮船、东方海外、以星航运、美总轮船等多家班轮公司陆续发布通知称，由于上海港洋山港区码头严重拥堵，旗下船舶将更改挂靠码头或调整开航时间。
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面对拥堵局面，4月13日，上港集团连发两条公告称：近期上海港船舶集中抵港、船舶艘次增加、单艘次船舶进出口重箱箱量增长超出预期，以及船公司联盟航线变化等因素，给码头生产作业带来阶段性压力，特别是洋山港区压力较大。上海港各码头启动码头应急响应机制，最大限度组织码头作业机械，增派作业人员，组织突击队，进一步提升码头生产作业效率。
但拥堵的情况并未得到缓解，且开始蔓延到其他港口。4月26日，萨非航运发布“关于中国港口的情况更新”通知显示，自3月起，联盟的调整导致港口出现大量阶段性进出港的操作，上海港正面临拥堵、堆场高密度积压的情况，且拥堵瘫痪的状况已经从上海港蔓延至青岛港和宁波舟山港。5月3日，中远海运集运发布《关于上海港拥堵的告客户书》：由于上海港码头拥堵，船舶等泊时间延长，造成部分航线的船期发生延误，并称“上海港的拥堵预计还将持续一段时间”。
上港集团人士5月10日对财新记者表示，此次港口拥堵与上海港关系不大，主要原因是船东公司航线调整，产生疏港方面压力，对公司整体生产运营没有太大影响。这一现象何时能够结束主要取决于船东公司航线何时能够调整完毕。
全球集装箱航运业原本四大联盟组成，各联盟内部成员之间签署船舶共享协议，以实现航线和挂靠港口互补、船期协调、舱位互租、信息互享、共建共用码头和堆场、共用内陆物流体系。航运公司重组合并引发市场格局一系列变化。
但上港集团的这一说法并未得到业界的认同。上海海事大学教授徐剑华表示，此次上海港拥堵主要有三方面原因：第一，上海港长期严重超负荷运营，上海港设计吞吐能力只有约2000万TEU（(Twentyfoot Equivalent Unit，即标准集装箱），但去年集装箱吞吐量已经达到3713万TEU，实际吞吐量达到设计能力的1.85倍，在港口领域非常少见，这就很容易导致严重“堵港”；第二，自4月1日开始，世界集装箱格局发生重大变化，十家船公司重组为三大联盟。（详见财新网报道，“世界第三大集装箱航运联盟本周成立”）这些航运联盟集中在4月1日前后调整了不少航线的挂靠计划，为了保证代理货物能够顺利上船，代理企业也会催促货主尽快订舱，这就导致了阶段性集港的小高峰；第三，今年开始，我国进出口贸易开始回暖，港口吞吐量增长超出预期。
海关总署公布的数据显示，今年前四个月，我国货物贸易进出口总值8.42万亿元，比去年同期增长20.3%。上海港今年一季度完成集装箱吞吐量935.32万TEU，增幅高达9.5%，增幅在全国各港口中名列前茅。
一位不愿具名的港口界专家对财新记者表示：上海港通关环境较好，所以周边许多省份的货物都愿意从上海港走，作为世界最大最繁忙的集装箱港，其运输基数本身就很大。近期上海港又进行了一次内部信息系统更新改造，这就加重了拥堵局面。
上述港口专家认为：上海港及周边港口的此次拥堵最快要持续到5月中下旬才能缓解。如果外贸回暖势头得到延续，持续时间可能更长，但最迟到今年7-9月份的航运淡季，拥堵情况将会消失。此外，上海港洋山深水港区四期工程预计将在今年投入运营，这也将缓解上海港现有的压力。
“港口在扩建上面临的是两难的问题，由于航运受宏观经济等多重因素影响，港口吞吐量波动会比较大，一个新码头投资上百亿，建设周期需要四五年，现在外贸形势好，拥堵严重，决定新建码头，但四五年后外贸和货运形势可能完全改变了，新建码头可能导致港口资源过剩。”这位专家说。
徐剑华认为，港口拥堵导致船期延长、运输成本增加。比如一条14000TEU的船，一天租金约是两万美金，现在上海港及周边的宁波舟山港等，因为堵港延误十七八天是非常正常的，仅租金这一项就是巨大损失。船东公司会将损失转嫁给货主，最终可能是消费者买单。
“上海港要想根本上解决拥堵问题，应该逐步将一些内贸和亚洲区域的集装箱运输转移到周边的太仓港等港口，但一直以来，上海港都希望把货源抓在自己手里，分流积极性不大。”徐剑华表示。