林毅夫团队在这份报告中给吉林开出的药方是：遵循比较优势，轻工业短板必须补上。
该报告一出，各种质疑之声四起，其中又以银河证券原首席策略分析师孙建波最为活跃。其也是第一个站出来提出质疑的人。
在这份报告公布后，银河证券原首席策略分析师孙建波首先站出来对林毅夫团队进行批驳，孙建波认为：林毅夫团队建议吉林发展纺织服装、消费电子、食品加工、医药健康等等轻工业以补短，这会把吉林带到坑里。因为吉林和北欧一样纬度高，半年天寒地冻。所以，吉林和北欧一样不能发展轻工业。并且说他怎么没有看到韩国、中国台湾等地在经济追赶的时候搞轻工业。孙建波甚至表示：“林毅夫团队缺少的不是理论而是常识”。
针对孙建波的说法，林毅夫团队进行了积极的回应。林毅夫团队指出：芬兰的诺基亚最早从事的是木材和造纸，后来转型为替荷兰的菲利普代工生产家电，转而生产自主品牌的电视，最后才发展电信设备和手机，瑞典、瑞士在早期的工业化时期也发展纺织、成衣、制鞋等轻工业，并非像孙建波想象的那样因为半年天寒地冻没有发展轻工业，东亚的日本、韩国和我国台湾更是在二战后先发展劳动密集的轻加工出口产业，经济快速发展，积累了资本才逐步升级到现在的资本密集型先进产业。
而在林毅夫团队做出回应之后，孙建波在接受《每日经济新闻》专访时表示：“林毅夫团队的官网回应以北欧的一些国家发展为例，表示纬度高也能发展轻工业。但需要注意的是，这些都是国家，作为国家阶段性发展的例子是可以的，但是作为一个地区肯定不行，地区必须还是要发展自己真正有优势的东西。”
双方你来我往大有不分胜负，誓不罢休之势。
除了是否发展现代轻纺外，四大方面也是争论的核心
但是争论绝不只在孙建波和林毅夫团队之间。另外上海财经大学经济学院院长田国强等人也与林毅夫团队进行了争辩。
首先，上海财经大学经济学院院长田国强提出，《吉林省经济结构转型升级研究报告(征求意见稿)》中，基本没有强调改革体制机制的问题，如果只谈发展，不谈改革和治理，是很难让经济得到可持续发展的。而中国社会科学院金融研究所公司金融研究室研究员张跃文的观点与田国强类似，其指出：吉林经济问题源于非经济因素，需要政府通过“自我改革”为区域发展添加活力。
针对此，林毅夫团队成员惠利撰写文章指出，认为报告没有论述制度改革重要性的观点，可能存在一定的误读。事实上，我们在报告里专列一章来说明“助推五大产业集群谱系壮大的五大推手”，从企业培育、招商引资、投融资与产业引导基金、要素聚集与双创、宣传推广与跨区域合作五个方面来促进企业培育和产业发展，就是为了给企业发展创造良好的经营环境。我们主张结合具体的产业发展来讨论对应的制度改革的针对性举措。
而针对北京大学新结构经济学研究中心万字长文总结中提到的：“基于这种新古典经济学理念攻讦《吉林报告》的，正是以田国强等为代表的一批训练有素的经济学家，他们一提起‘产业政策’就一概否定，甚至故意将其歪曲为‘政府主导’并扣上‘计划经济’的帽子。”
田国强在近日发表《对林毅夫吉林报告团队不实责难的回应与澄清》称，自己并非对“产业政策”一概否定，但关注范围与程度有所不同，并郑重要求林毅夫团队进行更正和道歉。
其次，中国人民大学区域与城市经济研究所教授张可云发表长文，提出东北如果不先解决人才流失的问题，优化经济结构就是空谈。张可云认为：吉林所在的东北地区而言，经济结构并不是振兴的关键症结。最值得注意的萧条病病症是技术人员的大量外流。这种技术人员的流失导致老工业基地大出血。大出血不止，优化经济结构就是空谈。由此可见，防止人口特别是技术人员流失比经济结构“扬长补短”更为关键。
针对此，惠利指出，一个地区不适合生存发展和人才“想留不能留”是有区别的，吉林想要留住人才，就需要采取大量措施促进产业发展，让人们看得到在当地寻求职业发展的机会。
第三，张可云同时表示，林毅夫的新结构经济学的方法并不适用于区域发展。张可云认为：林教授提出的新结构经济学的增长甄别与因势利导不适合分析地区发展的短板。原因在于，这一分析方法强调的主要是微观企业层面与区域内禀赋的分析，而确定区域发展方向是一个战略分析，这种分析需要在超越区域本身的地理界限的大范围区域空间尺度展开。合理的区域发展战略设计虽然重视区域内部要素禀赋，但外部机遇的把握比内部禀赋分析重要得多。
对此，林毅夫本人站出来进行了回应。他认为现有的经济学理论尚在幼年时期，大多总结于发达国家的经验，而发达国家的条件和发展中、转型中国家大多不同，因此套用发达国家的主流理论，难免有淮南为橘淮北为枳的遗憾。（原标题：东北振兴新思路：先“产人” 再“产业”！）