根据两地主管部门安排，“债券通”先期开放“北向通”，即香港及其他国家与地区的境外投资者（以下简称境外投资者）经由香港与内地基础设施机构之间在交易、托管、结算等方面互联互通的机制安排，投资于内地银行间债券市场。“北向通”并无额度限制，未来将适时研究扩展至“南向通”。
至于为何先开通“北向通”，多位受访人士认为，这与当前我国的跨境资本流动形势和香港债市复杂性有关。
有业内人士认为，作为深化境内债券市场开放的重要举措，“债券通”将利于吸引境外资金流入和提高我国债市的国际认可度。德意志银行高级策略师刘立男预计，人民币债券有望在2017年下半年被纳入主要国际债券指数，未来五年内或有7000亿～8000亿美元的外资流入在岸人民币债市。
香港一位外资投行人士对证券时报记者表示，先开通无额度限制的“北向通”，与当前资本项目开放的政策一脉相承。虽然今年人民币汇率走势趋稳，但资本外流形势仍然存在，所以资本项目开放政策也会继续延续前两年宽进严出的特点，以吸引境外资金流入为主。至于“南向通”开通后是否也会没有额度限制，要看当时的跨境资本流动形势。
暂不开通“南向通”的另一个原因，则在于香港债券市场的复杂性。刘立男向证券时报记者表示，香港的债券市场也以场外市场（OTC）为主。就一级市场而言，以香港特区政府为发行主体发行的债券或我国财政部发行的境外人民币债券是通过CMU系统，其他以企业为发行主体的债券则采用承销的方式。
通过CMU系统发行并进行清算、结算和托管的特区政府债券主要包括香港政府机构债券，以及外汇基金票据及债券（EFB、EFN）；前者是为了发展香港本地债券市场，同时满足一定的财政资金需要，后者则是作为政府的一种货币操作工具，调节市场流动性。CMU同时进行二级市场企业港币债券及小部分其它币种债券的清算、结算和托管。
天风国际证券集团行政总裁孟小宁也表示，香港债市中，以港币计价的债券占比很小，大部分是国际上流通的债券。由于这些债券并非都托管在CMU一个系统下，很难一次把它们通过一个路径全部实现“债券通”。此外，考虑到交易额度、交易方式、交易时间，这些都构成了“南向通”开通需要解决的问题。
多数企业发行的非港币债券目前较少在CMU系统发行或托管，大多通过承销方式在场外市场发行和交易。尽管很多债券在港交所上市，但交易规模相对较小。