一、挂牌公司股东个人所得税差别化适用标准
2014年6月27日，财政部、国家税务总局、证监会联合下发《关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2014]48号）（以下简称“48号文”），对挂牌公司股东实行差别化股息红利个人所得税进行了规定，股权登记日在2014年7月1日至2019年6月30日的挂牌公司派发股息红利的按照48号文执行。具体规定如下：
“个人持有全国中小企业股份转让系统（简称全国股份转让系统）挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。”
2015年9月7日，财政部、国家税务总局、证监会联合下发《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2015]101号）（以下简称“101号文”），对《上市公司关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2012]85号）中“个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票”持股期限超过1年的个人所得税适用税率由“暂减按25%计入应纳税所得额”变更为“暂免征收”，股权登记日在2015年9月8日之后的上市公司派发股息红利的按101号文执行，并规定“全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策，按照本通知规定执行。其他有关操作事项，按照《财政部国家税务总局证监会关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2014〕48号）的相关规定执行。”具体规定如下：
“一、个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。”
根据2015年度已经实施权益派发的挂牌公司公告的权益分派实施公告以及中国证券登记结算有限公司北京分公司（以下简称“中国结算”）发行人业务部的业务问答汇总（以下简称“业务问答”），目前股转公司认可的挂牌公司股息红利个人所得税适用101号文的规定，即持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利个人所得税按所得额的20%缴纳；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，其股息红利个人所得税暂减按所得额的10%缴纳；持股期限超过1年的，其股息红利所得暂免征收个人所得税。
由此可以看出，实践中股息红利个人所得税适用101号文时并没有区分股票来源是否系自“公开发行和转让市场”取得的，即实践中挂牌公司的个人或者证券投资基金股东股息红利个人所得税（无论其取得股份是在公司挂牌前还是挂牌后）均适用101号文的规定，除了101号文规定的以外的内容适用48号文。
二、权益分派中适用股息红利个人所得税的业务类型
挂牌公司的权益分派业务包括送红股、资本公积转增股本、派发现金红利。因送红股和派发现金红利使用的是公司的未分配利润，所以均需进行股息红利差别化个人所得税扣缴，比较有争议的是资本公积转增股本是否需要进行后续股息红利差别化个人所得税扣缴。
根据《国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告》（2015年第80号）（以下简称“80号公告”）：
“上市公司或在全国中小企业股份转让系统挂牌的企业转增股本（不含以股票发行溢价形成的资本公积转增股本），按现行有关股息红利差别化政策执行。”
在实际操作中，资本公积转增股本需要区分资本公积的来源，一般认为对于股票溢价发行收入所形成的资本公积转增股本不属于股息、红利性质的分配，不征收个人所得税；对于除前述原因形成的资本公积转增股本属于股息、红利性质的分配，需要征收个人所得税，并且挂牌公司按现行有关股息红利差别化政策执行。
80号公告还明确了：
“非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本，并符合财税〔2015〕116号文件有关规定的，纳税人可分期缴纳个人所得税；非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的其他企业转增股本，应及时代扣代缴个人所得税。”
所以，分期缴纳只适用于非上市及未在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业向个人股东转增股本，且该等企业必须符合财税〔2015〕116号文件有关规定。
三、股息红利差别化个人所得税持股期限的起算标准
48号文明确规定：
“持股期限是指个人取得挂牌公司股票之日至转让交割该股票之日前一日的持有时间”。
根据业务问答：
“‘个人取得挂牌公司股票之日’不得早于股份有限公司设立之日，对于挂牌公司发起人及原始股东，在我公司办理初始登记时采集过股东‘挂牌前取得股票时间’，该时间为计算股息红利差别化个人所得税的起始时间。定向发行的股东取得股票时间为新增股份可转让日前一交易日”。
四、挂牌公司股息红利派发方式以及相关注意事项
根据业务问答：
“挂牌公司派发现金红利可以自行派发，但送红股和资本公积转增股本必须经过我公司在线业务平台申报登记。挂牌公司现金红利可以选择全部自派、按某几类股份性质自派（其余类由中国结算代派）或按某几个股东自派（其余股东由中国结算代派）。”
即挂牌公司派发现金红利可自行派发或委托中国结算办理。
根据业务问答：
“只有截止权益分派股权登记日全体股东的持股时间都在1年以上，后续无需进行股息红利差别化跟踪扣税的才可以选择全部自派。同时，对于按股份性质和股东账户自派的，挂牌公司应可以掌握相关股东的银行账户信息，用于股息红利派发。”