NASDAQ模式： 若未来新三板市场与NASDAQ类似，那就是基本独立的第三个股票交易所，与沪市、深市平级，相互间基本没有直接联系。未来的新三板顶层设计参考主板市场，与沪深平等竞争，新三板公司的主要出路将会是在市场内部，并无转板必要。
兴柜市场模式： 若未来新三板市场与台湾兴柜市场类似，主要作为沪深两市的预备市场存在，让拟上市公司正式在主板挂牌之前，先到新三板热热身，刷刷公司治理、信息披露及适应监管规则方面的经验。在这种情况下，未来的新三板底层仍将保持高覆盖面，顶层将由通向沪深市场的转板直通车构成，新三板公司的主要出路是转板到主板市场。
以上猜想各有其利弊。
NASDAQ模式
NASDAQ模式的好处显而易见，一个独立的面向创业初期中小微企业的市场，能够最大限度地为这些企业的直接融资提供方便。如从此目的考虑，并没有必要非要与沪市深市发生联系，相反应当容许新三板市场和沪市深市平等竞争。
此模式理论上虽然方便，但却有很多实际中的困难。除去功能定位上有重复建设的嫌疑等以外，最大的问题则是体制上的不兼容。我国国情与美国不同，并非完全的自由竞争市场，哪个交易所干什么业务归根结底要由监管层来决定。如放任交易所之间自由竞争，难保不出现恶性竞争的乱象。
另外，如只给予新三板市场在入场门槛上的优惠条件，无疑又会造成对沪市深市的不公平竞争。如给予沪深市场类似的便利，则又似无再建设新三板市场的必要。
兴柜市场模式
预备市场的好处也是明显的，有利于建立层次分明的全国统一资本市场，也有利于拟上市公司逐步适应从私有企业到挂牌公司再到上市公司的要求。但此模式也有不少弊端，最大的问题是会导致整个市场的定位和功能不明。
如按预备市场的模式建设，那应给予该市场上的公司何等监管措施和融资待遇呢？如采用较严格的监管措施和融资待遇，则会不利于企业直接融资而丧失了建设新三板市场的意义。如果一边是并不缺钱的主板上市公司能很方便地直接融资，一边是很缺钱的预备市场公司反而不能方便地直接融资，则建设这个市场的意义有限。
从另一方面来讲，假如采用较宽松的监管措施和融资待遇，则可能喧宾夺主且本身又和预备市场的定位不符，同时也有可能让大量高风险低质量公司混水摸鱼。
另外，如果一个市场上的挂牌企业都以最终离开这个市场去别的地方融资为目的，恐怕很难指望它们能认真对待投资者和管理方。
未来的新三板：搞一个中国特色的分级制交易市场
NASDAQ模式利多弊少然不易行，预备市场模式易行但利少弊多，个人以为最佳的办法则不如取拿来主义之精神，搞一个中国特色的交易市场。按个人看法，未来的新三板既不应照搬NASDAQ完全独立，也不应照搬兴柜市场完全预备，而是一个从上到下纵贯全局的分级制市场。
新三板的顶层可以在监管信息披露、投资者门槛交易制度与主板市场基本对接，底层保持尽可能低的门槛基本上完全开放，中间再加设过渡层级。市场内部实行基本上完全制度化、市场化的自由竞争和升降级，能者上弱者下。
如此安排一方面实现了京、沪、深三大交易市场的功能适当错位，避免交易市场功能重复建设，又达到了扩大直接融资覆盖面，方便中小微民营企业融资和正规化建设，利于金融支持实体经济的目的；另一方面既能在三大交易市场之间引入适度竞争，又能避免相互间利益划分不均扯皮不休。
如此一来，央企、国企和民营大公司去主板，已基本成熟的中小企业和创新企业去中小创，需要长期投资短期不能盈利的去战略新兴板，剩下的统统去新三板。这样便形成了从上到下覆盖全国绝大多数公司的完整资本市场架构。
更重要的是，这样的一个市场才能真正符合国情。中国经济不光只有高大上，也不光只有互联网高技术，而是纵向从工业1.0到4.0，横向从欧美化的北上广深到尚处“亚非拉”的贫困地区。只有这样横向够广纵向够深的市场才能适应多样化、多层次化的企业融资和居民投资需求。
在这种设计下，也有必要引入新三板和主板间的转板制度，但这个转板制度并不会像现在很多人想象中的一样，鲤鱼跳龙门，跳到主板就不回来了。如果未来新三板的顶层中的上市公司在融资和服务上得到的待遇与主板基本没有区别，并不会有强烈的转板动力 ，就像现在沪市主板、深市主板、中小板和创业板间并没有什么转板动力一样。这个制度设计主要是为了构建完整统一的多层次全国资本市场，促进交易市场间的竞争和改善服务，而不是选拔性的定向输送。因此现在所谓转板问题其实也就是个伪问题，龙门虽然还会有，但不会是市场之间，而是新三板内部分层之间。
按此设想，新三板市场必定会成为未来中国最具深度和广度，同时也最具活力和发展潜力的资本市场。照目前安排看来，沪市主打高大上的国际化路线，向纽交所看齐更多承担国家战略任务，也就是起一个国营交易市场的作用，这也符合未来上海远东金融中心和世界金融中心之一的规划。新三板主打草根路线，兼容并蓄，服务国内民营中小企业，起一个民办交易市场的作用。倒是目前最红火的深市，将来的地位可能比较尴尬，就算能彻底取代港交所，上也无法与上海相比，下也不能像新三板一样低门槛，有点不好办