一、发起人持股的转让限制
《全国中小企业股份转让系统业务规则（试行）》（以下简称“《业务规则》”并未对公司发起人转让新三板公司股份作出限制性规定，因此，一般的公司发起人（排除同时作为公司控股股东、实际控制人、董事、监事或高级管理人员的发起人）所持股份对外转让的限制，主要是根据现行《公司法》第一百四十一条规定，“发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让”。即，如新三板公司挂牌后，该公司作为股份有限公司成立尚不满一年的，则发起人持有的新三板公司股份不得转让。
同时，在有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的情况下，若公司股份化改造后的存续期间未满一年的，则发起人持有的新三板公司股份同样存在限售要求。
二、控股股东和实际控制人持股转让限制
对于新三板挂牌企业的控股股东和实际控制人所持股份的转让限制，我们简单总结为“两年三批次，转让受限，做市除外”。具体而言，根据《业务规则》第2.8条规定：
1、挂牌公司控股股东及实际控制人在挂牌前直接或间接持有的股票分三批解除转让限制，每批解除转让限制的数量均为其挂牌前所持股票的三分之一，解除转让限制的时间分别为挂牌之日、挂牌期满一年和两年；
2、挂牌前十二个月以内控股股东及实际控制人直接或间接持有的股票进行过转让的，则取得该等股票受让方的限制性转让要求与控股股东及实际控制人相同；
3、主办券商为开展做市业务而在挂牌前十二个月以内从控股股东及实际控制人处取得的做市初始库存股票，不受到前述转让限制的约束。
三、董监高持股转让限制
对董监高持股转让限制，《业务规则》则并未专门作出规定，目前主要受限于《公司法》第一百四十一条的规定，即公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五，上述人员离职半年内，不得转让其所持有的本公司股份。此外，挂牌公司亦可以通过公司章程的特别约定对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定。
四、核心员工持股的转让限制
《公司法》和《业务规则》均未对公司核心员工股份转让作出专门的限制性规定。但是实践中，核心员工主要通过参与员工激励计划而持有公司股份，而在此类员工激励计划项下通常会对核心员工设置一定的持股锁定期。因此，公司核心员工股份转让的限制主要取决于公司员工激励计划的内部约定。
此外，如公司核心员工持有的公司股份系在挂牌前十二个月以内受让自控股股东或实际控制人的，则其股份转让的限制与控股股东和实际控制人相同。
五、其他股东持股转让限制
对于上述股东以外的其他股东而言，《公司法》和《业务规则》并未对其股份转让作出专门的限制性规定，即只要该股东并非股份公司发起人或虽作为发起人但股份公司设立已经满一年的，若公司章程或其他生效法律文件无特殊约定，该股东股份转让不受限制。
六、通过员工持股平台间接持股的转让限制
在已有新三板挂牌公司案例中，其员工持股平台多以有限合伙企业的形式搭建。对于此类有限合伙形式的员工持股平台，《公司法》和《业务规则》均未明确规定其股份转让限制，但是实践中，需要注意以下两种情况的区别：
（1）若持股平台中有控股股东或实际控制人参与的（多见控股股东或实际控制人担任持股平台的GP，从而管理持股平台并间接获取表决权），则受限于《业务规则》第2.8条的规定，控股股东或实际控制人因其间接持有公司股票应遵循“两年三批次”的转让限制规定。对于持股平台持有的新三板挂牌公司股份，则存在被认定为控股股东或实际控制人间接持有的股票，从而导致应整体遵循“两年三批次”的转让限制规定的风险；