2016年，新三板投资主力军私募机构却未完全发力。以天星资本为例，其主要进行新三板领域的投资，所投标的多属于互联网、清洁技术、IT、生物医疗等领域。2015年，随着新三板市场开始火热，天星资本加快了新三板布局，投资超过400家企业。其中，绝大多数在新三板挂牌。据天星资本官网资料，2016年以来，其投资企业超过500家，投资增速远低于2015年。一位业内人士告诉记者，包括天星在内的很多新三板投资大户，都在2016年不同程度放缓了投资步伐。
该人士指出，2016年市场行情普遍不佳，项目退出收益率下降，投资项目被套令企业难以回笼资金进行投资。2016年受资本市场整体市场状况影响，多家投资新三板的私募大户业绩明显下滑。其中，行业龙头中科招商净利润同比大减98.98%；方富资本净利润同比减少89.95%；硅谷天堂净利润同比减少超50%。
多家机构均在年报中指出，报告期内公司营业收入及利润同比大幅下滑，主要原因是受资本市场整体市场状况影响，项目退出收益率有所下降。以硅谷天堂为例，其将净利润下降的部分原因归因于2016年全球经济增速放缓，潜在经济增长率有所下降，优质资产难寻且价格高居不下
“这些机构有相当一部分以pre-IPO项目投资为主。去年以来，资本市场行情比较低迷。很多项目退出的收益率低了很多，回笼的资金少了，机构投资投资上自然会更加谨慎。”上述私募机构负责人告诉中国证券报记者，“如果投的是新三板项目，过去一年新三板行情不好，估计相当部分资金被套在里面，想退也退不出来，投资只能放缓。”方富资本在年报中指出，因新三板整体行情低迷等因素，导致公司直接投资业务中所投部分新三板股票公允价值变动受影响。此外，2016年没有在投项目退出，收益分成减少，新设子公司发展前期支出较高。数据显示，报告期内，方富资本共实现营业总收入约2662万元，较上年同期减少41.86%；实现净利润约274万元，较上年同期减少89.95%。
新鼎资本CEO张驰指出，2016年机构对新三板投资的整体热情比较低，资金对新三板投资相当谨慎。这与不少新三板政策尚未落地、市场前景不清晰有关系。“机构不愿意在这种不清晰的情况下进行投资，作为新三板投资主体的私募机构表现就更加明显。”