截至2017年5月8日，共有10575家挂牌企业披露2016年年报，企业实现平均营收约为1.65亿元，较上年同期增长14.77%，其中八成企业实现盈利。
行业方面，信息技术行业整体营收规模最大，实现1648.76亿元，超越机械设备排第一位;2016年营收增速最高的为互联网行业，为66%，然而其整体净利却由盈转亏，净利下滑189%。新三板在线研究中心统计，新三板上销售毛利率超过90%的企业数量高达80家，且以信息技术、互联网等行业居多。此外，医药生物行业的欧琳生物以99.46%的毛利率居于榜首。
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