在新三板市场2016年度非标审计意见中，严重程度较高的保留意见共计20份，占比13.24%。与此同时，A股市场保留意见同样为20份，占比达19.04%。与带强调事项的无保留意见相同，在导致审计机构出具保留意见的具体原因方面，A股和新三板同中有异。
在新三板市场，部分事项审计程序实施受限，无法获得充分审计证据是导致挂牌公司被出具保留意见的最主要原因，占比达40%。江苏苏亚金诚会计师事务所在对凯诗风尚(836550.OC)2016年财报审计时，对168.50万元库存商品存放在外部仓库(该部分库存商品占存货比30.92%，存货占资产总额比58.24%)，无法实施存货监盘，无法取得存货函证回函，也无法实施其他替代程序。鉴于此，该事务所对凯诗风尚2016年财报出具保留意见。
另外，鼎楚节能(834287.OC)2016年财报被北京兴华会计师事务所出具保留意见。由于鼎楚节能尚未建立完善的代理费用相关台账，北京兴华无法对其计入营业成本的166.35万元代理费用无法获取充分，适当的审计证据。
其次，存在可能导致可持续经营能力存在重大不确定事项(已经披露改善措施)是导致挂牌公司被出具保留意见得第二大原因。2016年，吉瑞节能(837412.OC)扣非后发生亏损104.68万元，2016年末流动负债高于流动资产2105.45万元。北京兴华会计师事务对其2016年财报出具保留意见。
此外，失去对子公司的实际控制权，部分收入无法确认等特殊事项，也是导致审计机构对挂牌公司出具保留意见审计报告的原因。以及无法判断关联交易公允性，关联方占用大额资金无法判断可回收性也是导致挂牌公司被出具保留意见的原因。
与新三板市场稍有不同的是，审计无法确认个别事项真实性是A股公司被出具保留意见审计报告的最主要原因。例如，中汇会计师事务所，因无法对民盛金科(002647)商誉减值测试结论的适当性作出准确判断，对其2016年财报出具保留意见。利安达会计师事务所因无法确认ST亚太(000691)前期会计差错更正的真实性，准确性等，对其2016年财报出具保留意见。
同样，部分事项审计程序受限，关联交易，被证监会立案调查等是导致A股公司被出具保留意见的原因，且以上三种原因各占15%。例如，秋林集团(600891)因审计机构无法取得充分审计证据以判断其与关联方之间大额资金往来的目的和性质，部分业务无法获得充分审计证据等，被出具保留意见。
此外，在2016年年报审计中，2家挂牌公司和10家上市公司被出具无法表示意见。无法获取充分，适当的审计证据以为发表审计意见提供基础是审计机构对上市公司和挂牌公司出具无法表示意见的最主要原因。但值得引起注意的是，仅从无法表示意见绝对数量比较，A股市场就是新三板市场的5倍。