处理决定书显示，青海省国家税务局稽查局于2016年3月21日至2016年6月21对青海三江源2012年1月1日至2015年12月31日履行纳税义务情况进行了检查，发现如下问题：
(一)增值税
1、从非农业生产者购进农产品，违规开具农产品收购发票抵扣进项税额，金额2610万元，税额339.3万元，应转出进项税额339.3元。
2、2015年将玉树藏族自治州三江源药业有限公司发生的广告费用，取得增值税专用发票抵扣进项税金，金额74.05元，应转出进项税额4.443万元。
(二)企业所得税
1、收到不符合不征收收入条件的企业技术创新等资金未计入，应调增应纳税所得额119.4万元，应补缴企业所得税25.1万元。其中：2012年度收到资金未计收入，应调增应纳税所得额50万元，应补缴企业所得税7.5万元;
2013年度收到资金未计收入，应调增纳税所得额71.9万元，应补缴企业所得税17.975万元;2014年度企业确认上年度未计收入的资金2.5万元，以前年度已作纳税调增，本年应调减纳税所得额2.5万元，应调减企业所得税3750元。
2、列支与生产经营无关支出(企业账务未记载购入藏獒，税前列支藏獒支出)，应调增应纳税所得额4.52万元，补缴企业所得税7980元。
根据相关税务法规，税务机关作如下处理：
1、增值税：应转出进项税额343.7万元;
2、企业所得税：应补缴企业所得税25.898万元;
3、以上查补税款合计369.64万元，并按规定加收滞纳金。
冬虫夏草表示，对于此次处理决定，公司已将税款及滞纳金全部缴清。鉴于本次补缴金额占营业收入比重较小，不会对公司生产经营产生重大影响，以后将以此为戒，杜绝此类行为的发生。
公开资料显示，冬虫夏草于2015年2月27日挂牌，主营业务为冬虫夏草、参茸类产品和土特产品的收购、加工、销售及研发。