数据显示，新三板中信息技术和医药生物行业的毛利率保持较高水平，研发投入力度较大是其获取较高毛利率的重要原因。从毛利率角度来看，新三板中盈利能力较好的行业分别是餐饮旅游、金融、医药生物、信息技术，2015年的销售毛利率分别为42.12%、40.64%、40.47%和34.46%。与此同时，由于上述行业的多数新三板挂牌企业与主板上市公司分布于不同的细分子行业或者处于不同的产业发展阶段，导致两个市场间同一行业的毛利率存在明显差异。具体而言，新三板餐饮旅游、金融、医药生物、信息技术四大行业的毛利率分别较主板同类上市公司高出9、4、10、8个百分点。另一方面，新三板中信息技术、医药生物等行业相对较高的研发支出则显示了成长型企业选择通过技术创新的方式与成熟企业展开竞争的发展战略。而从ROE的角度来看，2015年新三板各行业ROE的变化喜忧参半，其中改善相对明显的行业包括家电、基础化工、公用事业和电子设备，而ROE水平较高的行业则有基础化工、食品饮料、信息技术等，分别为13%、12.80%和12.64%。
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