目前新三板挂牌公司股权抵押率整体处于较低水平，但机构人士提示，不能忽视股权抵押具体操作中的风险。虽然迎来了分层利好，但新三板整体仍未走出低迷态势，加上实体经济疲软，由股权质押所引发的风险可能逐步显现。
今年3月，挂牌公司枫盛阳发生股权质押爆仓事件，此后公司股价大跌约90%，控股股东财产遭冻结。
5月，挂牌公司哥仑步董事长魏庆华在股权质押后辞职并失联。公司主办券商国泰君安指出，目前哥仑步董事会、监事会已低于法定人数，公司无法与实际控制人、控股股东、法定代表人魏庆华取得联系，公司部分银行账户被冻结，税控机已被停用，公司公章、财务专用章及合同专用章被公安机关接收保管。如果哥仑步在6月30日前无法披露2015年年度报告，公司股票存在被终止挂牌的风险。
券商人士表示，这些风险事件使市场参与者对新三板挂牌公司的股权质押更加谨慎。目前来看，虽然新三板股权质押笔数攀升，但质押方融得的资金通常不多。由于流动性掣肘和中小企业自身发展存在较大风险，新三板股权质押率一般为2-3折，一些资质不大好的“僵尸股”质押率甚至低于10%，大大低于A股主板上市公司股票的质押率。
银行人士表示，虽然股权质押通常能保证控股权不会旁落，但不排除风险发生时出现极端情况。例如，如果股权质押后股价大幅下跌至平仓线，相关方强行平仓，可能使质押比例较高的大股东失去对于企业的控制权。
机构人士认为，目前新三板股权质押爆仓的风险不是很大。一方面，大股东质押的股票大多是限售股，即使到了预警线、平仓线，市场参与主体也有一定的应对时间，可以想办法救急；另一方面，股权质押的融资方与质权人通常同处一地，彼此较熟悉，一般会准备好相关应急方案，不会突然强行平仓。
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