还有一些新三板公司因一些其他方面的问题遭到股转系统问询。以瀚盛建工为例，瀚盛建工在审查中被关注到了关联交易、营业收入以及披露问题。公司年报第四节披露主要客户情况，根据销售金额及其占比，推算出销售合计12，122万元，与合并利润表的营业收入16，876万元不一致。股转系他要求公司说明不一致的原因。
此外，北旺农牧和盛夏星空等公司则是因为客户问题遭问询。盛夏星空是一家一家主营业务为影视剧投资、制作发行和艺人经纪的文化娱乐公司，曾因其旗下艺人田亮、叶一茜夫妇以及马天宇等明星的入股备受资本市场的关注。股转系统对盛夏星空的前五大客户提出了质疑，并要求公司核实前五大客户是否列示错误；以及前五大客户收入全部列入应收账款的原因。
记者5月18日统计时发现，今年被股转系统问询的44家新三板企业中，股转系统官方网站中只显示了21家新三板公司的回复情况。
然而，5月19日，股转系统陆续更新了年报被问询的新三板公司的回复情况。今年被问询的新三板公司，大部分都在规定日期内对股转系统的问询函进行了回复，只是股转系统官方网站并未及时更新。
不过，今年被问询的44家新三板公司中，除去未到截止日期的5家，仍然还有2家新三板企业未显示年报问询函回复详情。这两家公司分别是园禾方圆、嘉银金科。
上述新三板从业人员在接受《证券日报》记者采访时表示，有少数的新三板企业未能按时对股转系统的问询函进行回复，可能是公司存在一些问题，对股转系统提出的问题者有待解决或者彻底无法解决。此外，也有一些业绩比较差的新三板公司，有放弃挂牌的打算，主观上不重视问询函，存在拖延等情况。
中国新三板研究中心首席经济学家刘平安也在采访时也向《证券日报》记者表示，
主要有三个方面的原因导致新三板挂牌企业未对股转系统的问询函作出回应。其一，是一些新三板公司根本回答不了问询函中的问题。挂牌公司本身存在问题，比如年报中收入的确认问题，变更会计政策的问题等，这些问题是挂牌公司常用的财务造假手段，对于这类问题，挂牌公司无法回答。
其二，这说明目前证券监管的惩罚力度不够，犯错的成本很低，甚至没有。这不仅是新三板存在的问题，中国资本市场向来如此。监管部门已经没有权威性。新三板与交易所市场还不同的是，新三板作为自律性监管，主要依靠市场的自律性措施。在新三板市场，行政监管和法律监管目前还没有形成有效的监管框架，监管乏力。“股转系统”没有权威，挂牌公司根本不把问询函当回事。