短短几年内，新三板实现了跨越式发展，但不能回避的是，新三板现在到了一个瓶颈期，面临诸多亟待解决的问题和困境。
中国需大力发展多层次资本市场，而新三板则是多层次资本市场的核心组成部分
(一)作为全球第二大经济体的中国，企业数量庞大且层次分明
2017年2月，世界银行发布了2016年全球各国GDP数据。数据显示，全球GDP总量已高达74万亿美元。其中，美国以18.03万亿美元的经济总量排名第一，占比24.32%；中国则以11万亿美元的经济总量排名第二，总量占比14.84%。庞大的经济体的中坚力量是数量庞大的企业——截止2015年末，全国工商登记企业法人单位共计2168.4万户，个体工商户更是超过5400万户。
这些企业呈现多元化特征。既有高居世界500强的国有大集团、全球市值领先的高科技巨头、逐步走出国门的行业龙头，也有大量的中小企业。以民营企业为主体的中小企业，是我国数量最大、也最具创新活力的企业群体，相关数据显示：在我国，中小企业贡献了80%的城镇就业率、70%的技术创新、60%的GDP和50%的税收，中小企业已成为我国国民经济的重要支柱，是经济持续稳定增长的坚实基础。
(二)单靠A股市场无法发挥资本市场服务实体经济的作用，还需建立多层次资本市场
一个功能完善、结构合理的资本市场，在推动经济健康发展、结构调整以及战略新兴产业成长过程中，扮演着至关重要的角色。经过二十多年的发展，我国资本市场从无到有、由小到大，快速成长为全球排名靠前的市场，资本市场在服务实体经济发展过程中，发挥了重要的积极作用。但我们也必须承认的是，目前我们的资本市场，依然处于“新兴+转轨”阶段。其在深度、广度、效率等方面均有诸多不足，市场结构上也有不少差距，服务实体经济的能力，亟待进一步提升。
正如上节所述，我们的企业本身就是多层次的。对于多层次的企业而言，只有多层次的资本市场，才能更好地为不同层次的企业提供服务，所以必须要发展多层次资本市场。此外，也只有多层次的资本市场，才能增加资本运行的弹性，提高整个市场的安全性和有效性。
截止目前，A股市场上市公司3266家，虽然今年以来，IPO速度在加快，但这仍是“高富帅”“白富美”们的舞台。单靠A股市场，很难满足我国数量庞大且层级分化的企业群体的资本需求。这也就决定了，单靠A股市场，难以充分发挥资本市场服务实体经济的作用。
证券交易所是证券市场的核心，交易所因为挂牌公司比较标准规范，而起着核心作用、示范作用、引导作用，但它不一定是主体。比如，美国只有20%的证券交易在三大交易所进行，此外的70%，均在场外进行。正是这种结构，确保了美国能够在更大程度上，满足不同层次企业的资金需求。
因此，我国有必要进一步建立健全多层次资本市场，以此去发挥优化资源配置、引导要素流动、管理风险和财富的作用，为实体经济的振兴提供源源不断的支持。
(三)经过几年的快速发展，新三板市场已成为多层次资本市场的核心组成
随着人口红利衰减、“中等收入陷阱”风险累积、国际经济格局深刻调整等一系列内因与外因的作用，经济发展正进入“新常态”。为适应这种变化，迫切需要改善供给侧环境、优化供给侧机制，通过改革制度供给，大力激发微观经济主体活力，增强我国经济长期稳定发展的新动力。
2014年9月的夏季达沃斯论坛上，李克强总理提出，要在960万平方公里土地上掀起“大众创业”“草根创业”的新浪潮，形成“万众创新”“人人创新”的新势态。配合这一政策，作为供给侧结构性改革的重要举措，我国进行了商事制度改革，这对于经济的发展起到了非常重要的促进作用，它激发了市场的活力和发展动力。就2015年来说，全国新增的市场主体1479.8万户，增长14.5%，其中企业433.9万户，比上年增长21.6%。新增主体注册资本28.99亿元，增长52%，企业户均652万元。
在供给侧结构性改革和“大众创业、万众创新”战略新形势下，党中央、国务院审时度势、高瞻远瞩，及时果断地提出了大力发展多层次资本市场战略。2013年1月，全国股份转让系统公司正式揭牌运营；2013年12月，国务院发文，新三板试点扩大至全国，鼓励创新型、创业型、成长型中小微企业融资发展。
得益于上述战略措施的出台，新三板近年来得以快速发展。目前，其挂牌公司的数量突破了万家，截至2017年6月15日，全市场共有挂牌企业11301家。此外，市场的挂牌准入、发行融资、并购行为也不断地得到完善，各项功能稳健发展。
同时，新三板也在不断加强规范发展，通过对股东占用资金的清理等多项举措，进一步规范了市场，使新三板市场的规范发展意识得到了显著的提升。过去四年，新三板在促进实业发展，尤其是在促进先进制造业、信息技术、生物医药方面发挥了重要的功能。
新三板已发展到了一个瓶颈期，亟需二次创业
(一)新三板市场当前所面临的挑战和困境
短短几年内，新三板实现了跨越式发展，但不能回避的是，新三板现在到了一个瓶颈期，面临诸多亟待解决的问题和困境。
1、企业挂牌意愿下降，优秀企业加速流失，已挂牌企业怨气纷纷
经过三年多的快速扩容，截至2017年6月13日，新三板挂牌企业已达到11287家，是2013年年底扩容至全国前336家的33.6倍，覆盖了89个行业大类，地域上实现了31个省市自治区的全覆盖。不过，相比2014年的16家、2015年的13家、2016年的56家，2017年来的企业摘牌数量明显增加。数据统计显示，截至6月13日，今年以来摘牌企业数量已达132家。不到半年内摘牌企业数已接近2016年和2015年两年摘牌企业数总和的两倍。其中，6月以来终止挂牌企业数量达16家，另有31家挂牌企业正在申请或拟申请摘牌，也就是说，单6月上半月已摘牌和拟摘牌企业数就达47家之多。与此形成鲜明对照的是，6月以来，新增挂牌企业数量仅为43家，也就是说摘牌及拟摘牌企业数量，已经反超新增挂牌企业数量。
摘牌企业的一个主要去向是A股市场，目前接受IPO辅导的新三板挂牌企业家数越来越多，速度越来越快。据数据显示，截止6月19日，现正接受IPO辅导的新三板企业已达462家，同时，这种现象有进一步提速的趋势，相关数据还显示，2010年接受IPO辅导的企业家数为1家，2012年上升至8家，2013年再升至11家，但2014年又下降至4家。进入2015年这种趋势开始加速，该年拟IPO的企业已经上升至57家，到2016年则为188家。而进入2017年后，这种趋势更趋明显。自2017 年1月1日起至6月19日止，新增企业数就已经多达190家，该数值已超过2016年全年新增数。
众多挂牌企业挂牌后非但没享受到政策红利，反而为此付出巨大的代价，现在更因“三类股东”、定增融资效率低下等等问题怨气纷纷。
2、投资者盈利很难，退出更难
一个健康的有活力的交易市场离不开投资方的积极参与。而吸引投资方的前提是投资能获得盈利、投资能有效退出。新三板目前的现状却是投资者既很难盈利又很难退出。新三板无论是三板做市指数还是三板成指从推出开始一直“跌跌不休”，已快跌至基点。新三板整体市场日均成交金额长期徘徊在10亿元左右，1000多家公司，绝大部分是僵尸股，没有任何交易，即使是交易最活跃的公司成交量也不过千万。这种情况也导致新三板的投资者退出渠道十分有限，大部分处于“套牢”状态。
3、中介机构风险加大而收益无法匹配
2016年新三板进入监管强化阶段，券商等中介机构的责任和风险都在加大，但是其收益并没有相应提升。券商的新三板业务本应是全产业链联动，挂牌作为入口，后端做市、投资才是收益的主要来源。但是，在流动性匮乏的市场，做市商也是独木难支，越来越多的券商被迫收缩战线。
4、多重困境一旦形成负反馈对新三板市场将是重大打击
前述的这些困境如果无法破局，则很可能导致新三板市场负反馈环的形成，即一方面流动性匮乏导致企业挂牌的意愿在日趋下降，挂牌企业甚至后悔挂牌；另一方面，如果市场供给质量无法提高，投资者无法获得相应的投资收益、没法挣钱，那么他们也必然会选择离场，市场的流动性将进一步匮乏……这种负反馈环一旦形成，无疑将直接影响到多层次资本市场服务实体经济的政策目标的实现。
(二)新三板困境背后的原因
造成这种局面的深层次原因，主要表现为如下几个方面：
1、新三板在多层次资本市场中的定位仍不清晰
追本溯源，困境背后的真因还在于，新三板的定位实质上并未清晰。
从目前的政策导向来看，政府希望大力发展新三板这是毋庸置疑的。2月10日，刘主席在监管工作会议上谈及多层次资本市场建设时指出，对于新三板挂牌企业还需优化分层的制度和办法，新三板既要有苗圃功能，又要发挥土壤功能。让一批创新能力强、诚实守信、市场前景好的企业，“能够转板的就转板，不愿意转板的就在新三板里面绽放”。2017年4月13日，国务院下发文件，批转了由国家发改委拟定的《关于2017年深化经济体制改革重点工作意见》(下称《意见》)。在第五项重点工作：推进金融体制改革中，《意见》提到，要“深化多层次资本市场改革。完善股票发行、交易和上市公司退市等基础性制度，积极发展创业板、新三板，规范发展区域性股权市场。”
但新三板到底是一个预备市场还是一个独立发展的市场？如果是预备市场，导向是培育，接近于台湾的兴柜市场，即主要为非上市公司提供融资和股份转让服务，同时为主板市场和中小板及创业板市场培育上市公司。如果是独立发展市场，就应该建立完善独立发展市场的功能，与沪深交易所市场为并列关系。
实际中，新三板一方面似乎独立发展，三方之间并无双向对接的通道；另一方面，新三板的制度没有建立独立发展市场所应具备的融资、定价、交易的功能。
2、新三板现存的制度缺陷
新三板定位的不清晰直接导致制度建设无法向前，诸多暴露出来的制度缺陷也没有弥补。
(1)交易制度的缺陷
普遍性的交易需求无法满足。现有的两种交易方式协议转让和做市交易严重落后于市场普遍性的交易需求，比如大宗交易、非交易过户等。这导致交易需求方只能通过一些曲线的方式来实现交易，而这往往造成了市场的大幅波动和价格的扭曲。
做市商数量太少。做市商是新三板市场特有的交易制度，对于新三板流动性的改善发挥了重要的作用。做市商制度推出的初衷是为市场注入流动性，但是目前新三板做市商数量太少， 80多家券商对应10000多家企业，无论是资金投入还是人力的投入都是杯水车薪。实际上，大量的PE、VC机构天然就是做市商极好的后备军，他们既有资金又有专业能力，同时还有库存股。如果对这类机构放开做市，做市才能真正发挥改善市场流动性的作用。
没有引入竞价交易制度。新三板在分层后，关键在于优化交易制度，完全可以在创新层基础上再设精选层，并在精选层试用集合竞价交易制度，创新层则采用做市交易制度，基础层采用协议转让制度。
(2)分层制度的缺陷
只是完成了一半。目前，我们确实分层了，将市场分成了创新层和基础层两个层级，其中更有上1000家的挂牌企业划到了创新层了。分层之后应该是匹配差异化的制度，引导资源流向层级更高的企业。可问题在于，事实上，无论从哪一方面看，目前创新层跟基础层都没有任何实质的区别。这就让分层制度丧失了其应有的价值和意义。
权责利不对等。创新层的监管要求更高，但企业在付出更多合规成本的同时并没有获得相应的政策差异化待遇。当然，这并不说要反对监管，企业接受监管、规范化是应该的，但同时需要给予其相应的规范红利。没有胡萝卜，只有大棒，这样的制度是很难落实下去的。
(3)投资者适当性的缺陷
准入门槛过高。新三板投资者除了要求有500万的证券资产，还要求有两年炒股经验或者会计、财经学历背景。设立这个高门槛的初衷是为了保护投资者，但这这一门槛显然是与实际情况脱轨的而且是过高的。500万的证券资本不仅比区域性股权交易市场的门槛高，而且未考虑新三板内部的结构性差异。
三类股东被歧视。三类股东是新三板市场的重要投资者，为新三板企业的发展壮大提供了大量的资金支持。通过备案的三类股东是新三板市场的合格投资者。但是新三板企业一旦启动上市的进程，三类股东就成了被歧视和被清理的对象，这背后的原因在于对于IPO过程中三类股东到底是否合规并无清晰明确的说法。
3、缺乏可预期的发展规划和路线图
新三板是一个年轻的市场，发展中遇到困难是正常的。但是，市场各参与方焦虑的是如何克服困难、打破僵局、继续向前并没有一个可预期的规划和路线图。信心比黄金更重要，对资本市场而言更是如此。稳定的预期才能给此时的新三板带来信心。如果新三板能够从顶层设计好一年、三年、五年的发展规划和路线图，就能给新三板市场带来信心。