新三板挂牌公司IPO需要注意的特殊问题主要有：
(1)做市商为国有控股证券公司的，应根据《财政部国资委证监会社保基金会关于印发〈境内证券市场转持部分国有股充实全国社会保障基金实施办法〉的通知》(财企〔2009〕94号)规定，将首次公开发行时实际发行股份数量的10%的国有股转由社保基金会持有，国有股东持股数量少于应转持股份数量的，按实际持股数量转持。
(2)对于信托计划、契约型基金和资产管理计划等持股平台为拟上市公司股东的，在IPO审核过程中，可能会因存续期到期而造成股权变动，影响股权稳定性。因此拟上市公司引入该类平台股东时应在考虑股权清晰和稳定性的基础上审慎决策。
(3)股东人数超过200人的新三板公司在挂牌后，如通过公开转让导致股东人数超过200人的，并不违反相关禁止性规定，可以直接申请IPO；如通过非公开发行导致股东人数超过200人，根据《非上市公众公司监督管理办法》，在进行非公开发行时应先获得证监会核准，其合规性已在非公开发行时经过审核，可以直接申请IPO.