截至7月14日，挂牌新三板的公司达到11276家，总股本为6655.50亿股，流通股本为3074.84亿股，成交股数为13585.38万股，成交金额为81399.12万元。同一天，新三板做市指数报收1047.99点。
据5月22日最新数据，新三板挂牌公司2016年年报披露收官，共计10554家公司按期完成披露工作。2016年，整体挂牌公司实现营业收入1.74万亿元，净利润1160.66亿元，同比分别增长17.40%、7.33%。近两年营业收入、净利润年复合增长率分别达到17.66%和26.79%。其中非金融企业增速更为突出，营业收入和净利润分别为1.68万亿元和1025.70亿元，同比分别增长18.02%、17.49%。挂牌公司盈利面达79.83%。
新三板的多数企业实现规模升级。2016年挂牌公司总资产和净资产分别为2.83万亿元和1.28万亿元，同比增长20.31%和25.50%。按国家统计局划型标准，有832家公司(占比7.88%)挂牌后实现规模升级，其中66家微型企业成长为中、小型企业，632家小型企业成长为大、中型企业，134家中型企业成长为大型企业。这些公司平均挂牌年限接近两年，挂牌时间多集中在2014年和2015年上半年，新三板的培育功能开始显现。
从行业特点看，先进制造业挂牌公司增长势头明显。制造业挂牌公司主要以先进制造业为主，占比75.66%。4038家小型制造业企业以创新谋突破，持续加大研发投入，近两年研发强度分别达到5.70%、6.15%，显示出中国智造的特征。广州赛莱拉干细胞科技股份有限公司于2014年登陆新三板，是创新层的公司，董事长陈海佳告诉记者：“已经通过四次定增为企业注入资金，正在走科技创新产业化的路线。”
但记者从机构了解到，由于政策面不明朗，今年以来新三板投资者的情绪有趋冷迹象。据媒体统计，上半年，新三板的新增挂牌企业有1309家，比去年同期减少近一半。共有160家新三板挂牌企业摘牌。上半年新三板共募集资金646.9亿元，共有618家挂牌企业收到来自证监会和股转系统的处罚。
机构人士分析，对于下半年的投资，优质标的定增投资的估值不低，而二级市场总体估值持续下行，叠加减持新规的出台，使得退出周期延长。
目前，新三板整体市场日均成交金额长期徘徊在10亿元左右，1000多家公司绝大部分是僵尸股，没有任何交易，即使是交易最活跃的公司成交量也不过千万元。这种情况导致新三板的投资者退出渠道有限，大部分处于套牢状态。
截至2017年6月30日，近三年来新三板企业的平均资产负债率连续下滑，由2014年的58%下降至2016年的41%。资产负债率的下滑程度与企业规模成反比，营收规模在1亿元以上的企业，2016年的资产负债率为47%，较2014年减少了12个百分点。分行业来看，材料、能源、工业等传统行业的资产负债率下降幅度较小，医疗保健、消费与房地产企业的降幅较大，均减少了约20个百分点。从绝对数值看，2016年信息技术、医疗保健类企业的平均资产负债率最低，分别为36%与34%。资产负债率的连续下降，表明企业借款的增速已落后于企业扩张的速度。分析原因，可能包括2015年以来新三板定向增发市场的火爆导致股权融资份额提高，进而降低了企业资产负债率。信贷紧缩，导致新三板中小企业借款变得更加困难，也是潜在的原因。
而强制摘牌竟成新三板企业退市捷径。按照股转系统的规定，新三板公司申请摘牌需要走一套完整的流程，如果在二级市场有过交易，走摘牌流程不仅时间长且过程很复杂，还涉及投资者保护方案。在目前已摘牌的公司中，自申请摘牌到发布正式摘牌公告，大部分公司的间隔期在1个月至3个月之间。对本来就准备摘牌的企业来说，6月30日之前不披露年报就强制摘牌的规定，恰好是一条捷径。
新三板市场目前到了瓶颈期，面临诸多待解决的问题。企业挂牌意愿下降，优秀企业流失。相比2014年的16家、2015年的13家、2016年的56家，2017年以来的企业摘牌数量明显增加。截至6月13日，今年以来摘牌企业数量已达132家。与此形成鲜明对比的是，6月以来，新增挂牌企业数量仅为43家，也就是说摘牌及拟摘牌企业数量，已反超新增挂牌企业数量。摘牌企业的主要去向是A股市场，目前接受IPO辅导的新三板挂牌企业数量越来越多，速度越来越快。截至7月14日，新三板公告进入IPO上市辅导的挂牌公司已达497家。
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