作为多层次资本市场的重要组成部分，新三板与沪深股市存在较大差异，但是受制于共同的宏观基本面，它们的走势大体一致。如2015年上半年都曾有过大涨，下半年又出现过明显的下跌，其后则出现了结构分化的行情。
不过，这种状况自去年年底以来发生了变化。沪深主板从那时起开始逐渐上涨，创业板尽管晚了一点，但在8月份也探底回升，且反弹的速度还很快。新三板则不同，股价行情疲弱，无论是综合指数、创新层指数，还是做市商指数，都出现下跌。即便上证综指突破3300点，整个证券市场情绪全面好转，新三板依然不见起色。一度很受关注的做市商指数，由于引入券商双向报价，一直被认为能够体现挂牌公司的公允价值，可也是一路下跌，最近已经下探到1000点附近，差不多回到了起点。在中国证券市场上，股指运行几年后又回到起点，这种事情并不多见。因此不得不说，就整个证券市场的发展而言，现在的新三板在掉队。
为什么会掉队？简单分析一下，有三方面的原因。
首先，新三挂牌公司的业绩不尽人意。前几年，新三板挂牌公司的利润增长率，都要高于主板，也高于创业板。但是去年以来，这种增速大幅度放缓，已经低于主板与创业板了。这里有复杂的原因，包括新三板扩容过快，挂牌公司质量参差不齐，不少中小微企业挂牌后遇到发展瓶颈，业绩难以提升。也有的在挂牌前过度释放利润，此后就缺乏进一步增长的动力。还有过去一些私募股权基金挂牌后，在一定市场条件下表现出了很强的盈利能力，但这种状况在近两年来就不突出了。公司业绩平淡，成为新三板市场发展、股价上行的重大阻力。
其次，去年年底以来，市场格局有了很大的改变，投资者对企业业绩的关注程度大幅度升温，这也造就了一波以业绩为核心的蓝筹股行情。相对而言，从新三板的特点来看，通常不会包含成熟型的企业，更多是接纳创业型的企业。这样就与今年的投资氛围不那么协调了。结果就是，大量当初以成长性为卖点，试图通过在新三板挂牌，获得资本市场支持寻求更大发展的企业，此间很少能够获得相关资金的青睐，不但再融资困难重重，市场交易也是冷冷清清，这样一来也就使得行情难以有所作为了。这也提示人们，在缺乏稳定专业资金的背景下，证券市场中那些个性化很强的板块，也许其发展本身会受到严重制约。
最后，不得不提的是，新三板虽然在前几年取得了长足的发展，但主要是表现在一级市场的数量扩张上，二级市场建设并没有紧紧跟上。大家都知道，新三板交易制度处于探索期，从很多角度来看，还是存在一些比较明显的缺陷，有关方面也提出了包括建立大宗交易制度、开放私募基金做市等种种安排，在挂牌公司的分层以及向创新层给予政策倾斜方面，也是有所考虑的。但是，所有这些都没有能够及时付诸实施。由于市场建设的相对滞后，很多抱着憧憬改革红利心理入市的投资者，不能不对此深感失望，这不但大大影响了他们的投资积极性，同时也抑制了新资金的入市。一万多家挂牌公司，每天的成交金额才六七亿元，大量公司有行无市，挂牌以后并没有获得资本市场的支持。所有这些，都导致了新三板的低迷，乃至在今年的证券市场发展中开始掉队。