两种办理方式：单位预扣+自行申报
21世纪经济报道记者从税务部门培训材料获悉，纳税人办理专项附加扣除，可以通过：1.日常由单位发工资时按月预扣；2.次年3月1日至6月30日自行汇算清缴申报办理。由于大病医疗是据实进行扣除，不能由单位按月预扣税款办理；对于“不愿意将相关专项附加扣除信息报送给任职受雇单位”“没有工资、薪金所得，但有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得的”“有大病医疗支出项目的” 或者“纳税年度内未足额享受专项附加扣除的其他情形”，可选择在次年3月1日至6月30日自行向税务机关申报办理。
1.若由单位预扣，单位可登陆“自然人税收管理系统扣缴客户端”，下载专项附加信息采集的电子模板，并对人员信息进行录入。
21世纪经济报道记者发现，“自然人税收管理系统扣缴客户端”早已上线。比如广东税务今年7月份就已经上线，用人单位可在各省税务局网站上下载。
2.若选择自行申报，方便的途径可以通过远程办税端，包括国家税务总局发布的手机app“个人所得税”，或者各省税务局网站。
21世纪经济报道记者发现，“自然人税收管理系统扣缴客户端”早已上线，用人单位可在各省税务局网站上下载。比如今年7月份，广东省税务局官网已经发布了“自然人税收管理系统扣缴客户端”的软件下载及相关指引。为了方便申报，纳税人可通过远程办税端提交信息，若仍希望单位帮忙扣缴的，纳税人可通过选择将相关信息推送给单位，单位在扣缴端选择同步操作，即可获取员工已经报送的扣除信息。
纳税人对填报信息真实性负责
从需要填报的信息来看，包括配偶信息、子女信息、就读学校、继续教育证书信息（证书名称及证书编号、发证机关）、房屋证书信息（房屋证书类型、房屋证书号码）、住房贷款信息（贷款类型、贷款合同编号、首次还款日期、贷款期限）、住房出租信息（主要工作城市、出租方姓名或组织名称、出租房身份证号码或统一社会信用代码、住房坐落地址、租赁期起、租赁期止）、被赡养人信息、分摊方式等。为了保障专项附加扣除的切实落地，单位依据员工提交的专项附加扣除信息，按月计算预缴税款，向税务机关办理全员全额纳税申报；员工若未及时报送相关信息，可在以后月份补报，单位在剩余月份发放工资时补扣，不影响纳税人享受专项附加扣除。
比如，单位员工2019年3月份向单位首次报送其正在上幼儿园的4岁女儿相关信息。则当3月份该员工可在本单位发工资时扣除子女教育支出3000元（1000元/月×3个月）。如果该员工女儿在2019年3月份刚满3周岁，则3月份当月可以扣除子女教育支出支出1000元（1000元/月×1个月）。
从培训材料来看，对于这些填报的信息，单位作为扣缴义务人需要按规定妥善保存备查扣除资料，并对纳税人报送的信息和资料保密。纳税人对真实性、准确性、完整性负责，扣缴义务人发现信息不符的，可以要求修改，拒绝修改，应当报告税务机关。对于未按照规定报送资料信息、虚报虚扣专项扣除、应扣未扣税款、不缴或少缴已扣税款、借用或冒用他人身份等行为，会依法进行处理。
个税扣除标准显著提高
在现有基本费用扣除标准（俗称“免征额”）提至5000元/月的基础上，随着专项附加扣除的引入，个税扣除标准将显著提高。对于上有老、下有小、还有房贷或房租支出的青壮年人群，引入专项附加扣除后，个税扣除标准将提至于9000元/月甚至更高。扣除标准的提高，意味着个税负担随之减轻。附上不同专项附加扣除下的，个税应纳税税额表：
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