另外需要说明的是，在基金的运营中，除了一些日常开销通过管理费用支付外，GP还会产生一些费用，通常这些费用由LP来承担，主要包括：聘请法律顾问的费用、聘请审计师的费用、向LP定期汇报基金表现而产生的开支、向中介机构支付投资项目的中介费用等。不过，现在绝大多数GP和LP 都会商定，将产生的这些费用全部计入投资成本，待最终收益分配时再进行相应扣除。
(二)投资回报分配
投资回报如何进行分配，这恐怕是LP们最为关心的问题了，实践中面对GP设计的纷繁复杂的投资回报分配条款，LP往往是头痛不已。这里重点从两个方面对此问题作以阐述：
首先谈投资回报的分配时间，这也是LPA中非常重要的一个条款，但实践中许多人对此条款往往忽略不谈，甚至是想当然。不同的分配时间对GP 和LP的切身利益都有很重要的影响。目前，PE业内流行的投资回报分配时间主要有两种：
一种是在每个投资项目产生回报后立即进行分配(又称By Deal)，即在每个投资的项目退出后，就该项目投资回报所得在GP和LP之间按LPA协议约定直接进行分配。这种分配方式对GP较为有利，在这种分配时间点下，GP的总回报可能大于LPA中通常约定的总投资回报的20%。
另一种是还本后分配(又称By Fund)，即LP收回投资成本(或者说投资成本加优先回报)之后才开始分配投资回报给GP。这样的分配时间点对LP相对较为有利，在这种分配方式下，LP往往会要求会对优先回报提出一定的要求。
实践中如采用By Deal 进行分配时，LP有时还会就特别项目产生的损失，或者GP获得的高于预先约定的总投资回报分成比例的部分要求进行回拨，又称“利润回拨”机制。通常是在第一个投资项目推出后，GP应将其分配的投资回报的20%回拨，即和LP设一共管账户，等第二个投资项目退出时，如第二个项目是盈利的，则GP原留存的20%直接划转GP名下，再按第二个投资项目分配投资回报所得20%进行留存;如第二个项目是亏损的，则用GP原留存的20%直接弥补第二个项目上的损失，但仍以该留存的20%为限。
其次谈投资回报的具体分配方式。投资回报(又称Carry)必须是在GP和LP之间进行的分配，目前国际上较为流行的做法是将基金投资的净资本利得的20%分配给GP，余下的80%分配给LP。但PE实践中，作为出资人的LP往往会要求一定的优先回报，即投资回报分配时，LP先要取回投资成本和一定的优先回报，这类优先回报率通常是6—8%。
在LP提出优先回报要求后，GP通常也有两种做法：一种是在LP取得优先回报后，剩余投资回报分配时，GP可以要求超出通常20%的比例，可以是25%，甚至是30%;一种是在LP先取得6——8%的优先回报后，GP可直接取得LP所领取的优先回报的1/4，此后双方再就剩余投资回报按LPA约定执行。
(三)利益冲突机制
LPA中的利益冲突机制主要源于合伙企业法第三十二条的规定。合伙企业法第三十二条规定：“合伙人不得自营或者通他人合作经营与本合伙企业相竞争的业务。”具体到私募股权投资基金实践当中，有的GP 往往管理的不只是一支基金，他既可能同时或者先后发起几支不同的基金，也可能受不同基金委托而管理几支不同的基金，这样一来，其在选择投资项目时，如何能最大程度上保证切实从LP的利益出发，优先保证这些LP的利益?这也是实践中LP们很关注的一个话题。