然而，天有不测风云，大家所熟知的三聚氰胺事件爆发。
2008年9月，三鹿奶粉含有严重超标的三聚氰胺真相大白于天下之后，该企业和管理层遭到法办。
此后，22家乳制品企业的婴幼儿奶粉中检出含有三聚氰胺，其中包括蒙牛3个批次的产品。
也许是树大招风，此事件狠狠击中了蒙牛和牛根生。大众心中的商业偶像迅速被拉下神坛。这导致由企业家向职业慈善家转型的关键一步也不得不推迟。
2009年，在经历了三聚氰胺的打击之后，中粮入主蒙牛，获得控股权。
牛根生辞去内蒙古蒙牛董事长，仅仅保留非执行董事一职。
牛根生喜欢引用一句源自《世说新语》上的名言：“小胜凭智，大胜靠德。”他也常说：“财聚人散，财散人聚。”他笃信此言，身体力行。他曾在一篇博客中写道，幼时，父母遭批斗，他在学校受牵连也时常遭人打骂，但把母亲给他的零花钱分给了小伙伴，时间一长，大家都听他的话，让大家干啥就干啥，不仅自己不再挨打，有时他还能指挥打别人。牛根生认为这是他奉行财散人聚的源头。
"全球捐股第一人"牛根生
牛根生的妻子申淑香在接受《中国慈善家》采访时回忆，牛根生在伊利任职副总裁时，最多的一年年薪达到了75万元，不过最后拿回家的只有10万，其他大部分都分给了部下。
在筹划蒙牛上市后，捐出他们自己的股份时，牛根生并没有直接告诉申淑香，而是试探性地说，这个钱不能往自己家里拿，得拿出来干点事。牛根生给出的理由是：一是对孩子的成长有利，二是对家族的安全有利。尽管经过了一段时间的思想灌输，但在蒙牛上市之后，牛根生宣布捐出所有股份，仍让申淑香十分不解。她原本认为牛根生只会捐出一部分股份，留有一部分用于孩子上学和家庭使用。“这个人真是神经病。我们是1981年结的婚，也是从穷日子里慢慢奋斗过来的。刚刚有了钱，还没到手，就都要捐出去。别人都说他疯了。”申淑香忿忿不平地说。
为了让妻子想得通，牛根生不断向申淑香分析，捐了有什么好处，不捐有什么坏处，尤其对孩子，如果不捐，孩子靠父母不自己奋斗，对孩子成长不利。尽管不理解，但基于结婚20多年来对牛根生性格的了解，申淑香还是同意了。2004年10月16日，申淑香，以及他们的儿子牛奔、女儿牛燕(后改名为牛琼)，各自签署了一份《授权声明》，其内容大意是：同意牛根生对其蒙牛股份及红利所做出的占有、使用、收益和处分的安排；同意牛根生签订的捐赠协议，并完全认可捐赠协议的内容。