自2013年6月新三板市场全国扩容以来，我国颁布了新三板市场税收政策的纲领性文件——《关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(国发[2013]49号)，并相继明确了新三板市场证券交易印花税、股息红利个人所得税以及挂牌公司股权激励个人所得税相关税收政策，明确了新三板市场涉税问题处理原则："市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。"
因而有关新三板市场涉税问题，一般做法是：有相关税收政策的按相关政策执行；没有相关政策的，依照涉税问题处理原则，比照沪、深证券交易所市场以及上市公司处理。
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