自2015年全国股转系统开始就分层方案征求意见到分层工作基本完成至今，新三板分层实施经历了一年的发展期。业内人士坦言，在新三板分层实施后的这一年里，不同层次的市场实现了估值落差，不过相应的配套制度并没有得到及时跟进。
数据显示，截至目前，创新层企业共有940家。相较于分层之初953家企业成功进入创新层来说，一年的时间内，创新层企业中有13家退出。许小恒表示，对于创新层企业摘牌，更多的是冲击IPO和“嫁入豪门”即被A股上市公司并购两个原因。纵观退出企业，包括诸如世纪空间等选择进军A股的企业，也有类似于羿珩科技这样被A股公司并购的企业。具体来看，正处于上市辅导阶段的世纪空间在2016年12月5日终止挂牌新三板，这成为新三板创新层首家退市的企业，同时也打开了创新层企业退市的先例。此后诚烨股份、新媒诚品等创新层企业相继选择摘牌。
谈及新三板的分层，布娜新认为，新三板的挂牌企业已经突破万家规模，万家企业规模不一，经营各有千秋，因此，去年股转前瞻性地从三个不同角度设置三套标准为市场筛选出较为优秀的创新层企业。不过布娜新坦言，在新三板分层后的这一年中，相应的配套制度没有及时跟进，加之IPO提速的诱惑，使得一些创新层企业无法继续坚定留在新三板的信心。不过，布娜新补充道，分层使得创新层企业的投资价值有了监管背书，估值得到了相应提升，才会出现创新层被A股收购的情况。同时，不同层次的市场实现了估值落差，并购重组整合了资源，提高了效率，方便了资本退出。
对此，许小恒也表示，由于分层后相关配套制度迟迟没有落地，所以市场流动性没有持续显著提高。此外，今年又是IPO提速的大年，A股审核周期缩短，IPO“堰塞湖”正在迅速化解，市场把投资热点转移到PreIPO概念股上。不管企业因何种原因进退，这都是新三板市场在逐渐走向完善的表现，毕竟一个市场有进有退才能称得上是健康的市场。