虽然新三板取得长足发展，但主要表现在一级市场的数量扩张，二级市场建设并没有紧紧跟上。
作为多层次资本市场的重要组成部分，新三板与沪深股市存在较大差异，但是受制于共同的宏观基本面，它们的走势大体一致。如2015年上半年都曾有过大涨，下半年又出现过明显的下跌，其后则出现了结构分化的行情。
不过，这种状况自去年年底以来发生了变化。沪深主板从那时起开始逐渐上涨，创业板尽管晚了一点，但在8月份也探底回升，且反弹的速度还很快。新三板则不同，股价行情疲弱，无论是综合指数、创新层指数，还是做市商指数，都出现下跌。即便上证综指突破3300点，整个证券市场情绪全面好转，新三板依然不见起色。一度很受关注的做市商指数，由于引入券商双向报价，一直被认为能够体现挂牌公司的公允价值，可也是一路下跌，最近已经下探到1000点附近，差不多回到了起点。在中国证券市场上，股指运行几年后又回到起点，这种事情并不多见。因此不得不说，就整个证券市场的发展而言，现在的新三板在掉队。
为什么会掉队？简单分析一下，有三方面的原因。