随着公立医院综合改革全面铺开，取消药品加成后，医院的财政补偿能否到位成为医疗界普遍关注的问题。5月11日，财政部社保司副司长宋其超在新闻发布会上表示，为支持公立医院综合改革，中央财政将对医改试点县市安排补助资金，每个县补助300万元，每个新增试点城市补助2000万元，每个城市的市辖区补助100万元。
此举意在促成公立医院的收入补偿机制的转变。国家卫计委体改司司长梁万年表示，过去公立医院主要补偿机制由三部分组成，分别是政府补助、医疗服务收费和药品加成收入，其中“药品、耗材这些物化为主的收入大概占到60%-70%”，真正反映医务人员劳务技术价值的收入只占30%左右。
而改革目标在于，取消药品加成，把公立医院的补偿来源变为两个渠道，即政府补助加上医疗服务收费。药品加成是指，自2006年起，国家发改委允许县及县以上医疗机构销售药品时，顺加不超过15%的加价率作销售价，加价收入即为医院收入。取消药品加成后，药价平进平出，医院采购价就是药品最终的销售价。
取消药品加成后，公立医院将面临收入缺口。梁万年表示，“如何在加成取消后，既让医院能够良性运行，又让医务人员的积极性能够有效调动，又让老百姓整体的医疗负担不增加，又能够让医保基金能够承受并且可持续”，这是改革需要破解的关键问题。
为此国家卫计委主张“腾笼换鸟”。梁万年解释称，“腾笼换鸟”第一步是挤压药品、耗材价格需要的水分，规范医生的处方行为，从而为调整医疗服务价格腾出空间，让医生的劳动价值能得到体现，同时医保尽量予以报销，使老百姓总体费用负担不上升。
此外，财政部门将对医改给予资金支持。宋其超表示，2017年全国财政医疗卫生支出预算为14044亿元，是医改启动前2008年的4.4倍，比2016年同口径支出增长5.1%，比同期全国财政支出预算增幅高1.9%，而医疗卫生支出占全国财政支出的比重提高到了7.2%。
宋其超还表示，根据公立医院的绩效评价成果，中央财政将对综合改革成效明显的市县给予奖励，把绩效考核结果和中央财政补助资金相挂钩，而中央级公立医院若全面参加属地公立医院改革，也可获得奖励补助。