大多数新三板投资者对大宗交易制度充满期待，与其他改善市场流动性备选手段，如竞价交易、公募入市以及降低投资者门槛等相比，虽然大宗交易制度比较温和，但是对于市场改善流动性依然具有很大的帮助。
一旦大宗交易制度确定，买卖双方可通过市场外协商方式，直接确定是否交易，而成交量和成交金额不纳入实时行情和指数计算。
因此，既能简化交易手段，控制交易成本，又能有效增强新三板交易流动性。同时，大宗交易制度还会提供新的交易平台，为投资者增加一种退出渠道。
具体到新三板交易层面，大宗交易制度可能会有如下影响：
1.大宗交易制度是适用于做市转让方式的挂牌企业，协议转让的企业用不上。大宗交易是对做市转让制度的有力补充，做市转让的挂牌企业的流动性将会增强，交易量会增加。
2.对目前已经采取做市转让方式的挂牌企业而言，并不急于再去转回协议转让方式，反而协议转让的有可能更多的转为做市转让方式。
3.新三板大宗交易制度推出后，将倒逼券商改善做市方式，做市交易制度能否长期存在成疑问。
4.大宗交易推出后，市场仍然缺少公允价格，做市交易形成的价格，大宗交易形成的价格将会让投资者更难判断。两种交易价格之间形成的套利机会会造成很多不确定性。
那么，新三板的大宗交易制度规则将如何制定呢？
有观点认为，新三板大宗交易制度很有可能参照主板30万股或者200万交易金额为门槛，以30%涨跌幅限制为条件；同时应该在A股大宗交易制度的基础上适当改造，以适应新三板的实际交易环境，更好地促进交易的实现。
另一种观点认为，目前的股票市场是极度的投机市场，大宗交易接手方接手后，基本都会在二级市场减持，不利于股价的稳定性。把大宗交易放到新三板，新三板并没有那么多散户，而接手大宗交易的投资者也很少是愿意做股东的，大宗交易对于新三板也很有可能变成鸡肋。
无论大宗交易制度是否如期实施，实施后是否达到预期的效果，仅靠一个制度都是不够的。新三板市场想要更健康的发展，如何能有效的确定公允价格，在此基础上增强股票的流动性，还有很长的路要走。
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