经过多年发展，高新区在促进科技资本融合助推双创企业发展过程中取得了瞩目成绩，但在推进科技资本融合过程中也存在一定困难及障碍。
第一，税收制度影响创投基金对实体产业的支持。2014年，为落实税收法定制度与加强税收监督，国家取消了地方自定对私募基金优惠政策，但并未出台统一的税收优惠政策，一定程度上降低了对投资者的吸引力。此外，对创投企业实行70%抵扣税的政策，之前在国家发改委对创投企业进行备案后即可落实。基金行业由中国证监会接管后，基金管理公司和基金由基金业协会进行备案，但暂无对创投企业的专门认定，造成该政策阶段性难以落地。由于创投基金税负较高，打击了投资者的热情，虽然可以采用有限合伙形式防止二次征税，但在实际运作中这一形式有时会制约基金运营与存续，进而影响对实体产业的支持力度。
第二，“新三板”制度设计不够完善，影响挂牌企业的后续发展。“新三板”市场门槛较低、扩容较快，挂牌企业数量虽快速增长，但质量参差不齐、流动性不足等问题日益凸显，影响了市场定价、融资、交易等基本功能的发挥。同时，“新三板”分层后，由于制度供给未能及时跟进，优质企业利益诉求得不到满足，即使进入创新层，也难以在再融资和股权交易方面得到实质性支持。
第三，区域性股权交易市场未能充分发挥融资功能。作为多层次资本市场的重要组成部分，区域性股权交易市场在实际运行中，支持其发展的扶持政策、业务模式尚不成熟，市场法律地位还未明确。前期国务院清理整顿，将未出现明显风险的区域性股权市场一并进行了力度较大的规范，短期削弱了市场对企业和投资者的吸引力。此外，高新区企业希望按此前模式在区域性股权市场发行私募债，在清理整顿后也难以实施，使中小企业获得债券支持的概率降低。加之市场交易信息较少、流动性较差，亟须融资的企业在市场上不能及时获得资金需求，因此难以吸引到优质企业进入。