结合高新区的相关经验及主要问题，综合考虑当前经济发展的整体环境和资本市场实际运行情况，对资本市场发挥市场资源配置功能、强化资本和科技融合、支持供给侧结构性改革等方面提出以下建议。
第一，积极促进资本形成、集聚和流转。应大力促进企业与多层次资本市场对接，为企业打造全流程资本市场服务体系。一是完善“新三板”的制度建设与运行机制。鉴于现行“新三板”制度供给与市场容量不匹配等现状，建议重点解决存量挂牌企业结构性、流动性问题及增量企业入场问题。首先厘清市场分层和市场定位，明确市场层次差异，构建差异化制度供给体系；其次适当降低投资者适当性标准，引入更多合格个人投资者，鼓励公募基金、企业年金等长期机构投资者进入“新三板”市场，着力解决流动性问题。可考虑创新层在现有交易制度基础上，引入竞价交易，实行混合交易制度。在创新层制度实施的基础上，研究并适时引入转板机制。二是加强区域性股权交易市场建设。应进一步明确区域性股权交易市场定位，在规范统一监管的同时，鼓励不同区域交易所的差异化竞争与协作。明确在区域性股权市场挂牌的企业转到“新三板”市场的具体操作细节。通过引入投资银行、融资担保机构、信用评级机构等中介机构，完善企业进行多种直接融资和股权交易的制度配套。加强区域性股权市场与特色产业园地、政府引导基金的对接，促进双创战略落地。
第二，为中小企业提供全方位多渠道融资支持。由于银行具有顺经济周期特点，在经济下行周期对中小企业放贷审批更加严格，同时鉴于高新区企业风险大、轻资产等特点，应进一步完善银行、证券、保险、财政等机构合作，建立多方共担风险机制，发挥资金的增信效应和放大效应。一方面，促进股权投资机构与各类债权金融机构合作，通过信息共享、风险分担等方式，为处于不同发展阶段的企业提供投贷联动融资支持。另一方面，加强保险机构对申请创业企业承保风险的调查、评估及审核；加快发展科技保险以及信用保证保险，化解科技创新和产业升级风险，推进融资模式和征信机制创新。同时，发挥好财政资金的“杠杆”和“引子”作用，充分利用市场化手段实现对政府基金的撬动和引导，扩大有效资本供给。
第三，提升私募股权投资基金的投融资能力。为促进私募股权投资基金对双创企业的支持，应尽快出台公平、统一的私募股权投资基金税收优惠政策，在税收方面给予优惠。在风险可控的前提下，逐步提高全国社会保障基金投资创业投资基金、股权投资基金和产业投资基金比例，支持全国社会保障基金投资私募证券投资基金，进一步研究完善保险资金投资私募证券投资基金的政策。支持设立创业投资引导基金，引导创业投资基金和天使投资人增加对创业早期企业的投资，积极培育各类早期创业投资主体。
第四，发挥中介机构在推动创新企业发展中的作用。相比一般创新企业，投资银行不论是对市场信息和资本等要素资源的掌握，还是对市场交易规则的理解和运用技能方面，都具有较强的专业优势。引入并发挥好投资银行的作用，对于推动创新企业的融资、资源整合、并购重组、转型发展，甚至进入国际市场等都具有积极作用。对于高新区来说，引入投资银行后，既能使现有创新企业获得更大助力，还能吸引更多创新企业入驻。因此，应进一步发挥投资银行在推动创新企业发展中的作用。